En 1964, al iniciarse el año escolar, se conformó por primera vez el Comité de Padres de Familia encargada de gestionar la creación de un Colegio Secundario para Mocupe, distrito de Lagunas. Este Comité estuvo integrado por los señores: Armando Chancafe Esquén (presidente), Atilio Segura Jáuregui (secretario) y la señora Zoila García Viteri (tesorera) y como coordinador el señor Moisés Gonzáles Gonzáles, Director de la Escuela Primaria de Varones Nª 238, recibiendo el compromiso de gestionar el funcionamiento por parte del entonces diputado Raúl Tupacyachi Segura.
Ese mismo año, el 06 de julio, da por iniciado oficialmente su funcionamiento el Colegio Secundario Nocturno, siendo el primer director el Licenciado Juan Leyva Ordoñez. Un año después, con fecha 25 de abril, se crea el Instituto Nacional Agropecuario Nº 76 de Mocupe, teniendo la responsabilidad de la dirección el Ingeniero Agrónomo Orlando Granda Peralta.
Diez años después al darse la coeducación se fusionaron ambos planteles, gestionándose así el Centro Educativo Secundario de Menores y Adultos de Mocupe, bajo la dirección del profesor César Saavedra Vargas.
En el año 1981, con la dirección del profesor Demetrio García Cacho, nuevamente retoma el nombre de “SAN FRANCISCO” en honor al Santo Patrón del distrito.
La IE “SAN FRANCISCO” durante el año escolar 2010 ocupó el PRIMER PUESTO en concurso de Bandas de Música a nivel escolar, así como en el desfile escolar competitivo por Fiestas Patrias, ocupó el Primer lugar en Encuentro Nacional de Alcaldes Escolares realizado por la Municipalidad de Trujillo representante del AMPE.
En el año 2014 se cumplió 50 años (BODAS DE ORO) como alma mater del distrito de Lagunas.
La renovación, desde 2017, de la infraestructura educativa, así como del equipamiento acorde con la modernidad y los nuevos enfoques pedagógicos, nos impulsa hacia el horizonte propuesto de convertirnos en la Institución Educativa Emblemática del Valle de Zaña.
El año 2022 se atendió a 252 estudiantes distribuidos en 10 secciones, dos por grado, en el turno de la mañana, con un equipo de 14 profesores de área, 1 docente de AIP, 4 trabajadores administrativos, 1 Auxiliar de Educación, 1 Director designado.
La IE cuenta con terreno para prácticas de Educación para el Trabajo en la especialidad de Agropecuaria, talleres de banda de música, danzas y música folklórica, selecciones de vóley, fútbol, y organizaciones estudiantiles como: Escuela de Lideres, Fiscales Escolares, Municipio Escolar, entre otros; que involucra la participación plena de estudiantes, docentes, padres de familia, exalumnos, en una sola familia sanfranciscana.
A la fecha, 2023, viene siendo conducida por el Licenciado ALMILCAR RODAS MENDOZA, en su condición de director designado y ejerciendo un liderazgo pedagógico que aplica el enfoque de procesos, implementa la educación por competencias en el marco del Currículo Nacional de Educación Básica – CNEB, la evaluación formativa y la transformación digital.
ALLI DONDE HAY UN MOCUPANO, LATE UN CORAZÓN SAN FRANCISCANO!